A Multiplex PCR and DNA-Sequencing Workflow on Serum for the Diagnosis and Species Identification for Invasive Aspergillosis and Mucormycosis.

There has been significant increase in the use of molecular tools for the diagnosis of invasive aspergillosis (IA) and mucormycosis. However, their range of detection may be too limited as species diversity and coinfections are increasing. Here, we aimed to evaluate a molecular workflow based on a new multiplex PCR assay detecting the whole Aspergillus genus and the Mucorales order followed by a species-specific PCR or a DNA-sequencing approach for IA and/or mucormycosis diagnosis and species identification on serum. Performances of the MycoGENIE Aspergillus spp./Mucorales spp. duplex PCR kit were analyzed on a broad range of fungal strains and on sera from high-risk patients prospectively over a 12-month period. The kit allowed the detection of nine Aspergillus species and 10 Mucorales (eight genera) strains assessed. No cross-reactions between the two targets were observed. Sera from 744 patients were prospectively analyzed, including 35 IA, 16 mucormycosis, and four coinfections. Sensitivity varies from 85.7% (18/21) in probable/proven IA to 28.6% (4/14) in COVID-19-associated pulmonary aspergillosis. PCR-positive samples corresponded to 21 A. fumigatus, one A. flavus, and one A. nidulans infections. All the disseminated mucormycosis were positive in serum (14/14), including the four Aspergillus coinfections, but sensitivity fell to 33.3% (2/6) in localized forms. DNA sequencing allowed Mucorales identification in serum in 15 patients. Remarkably, the most frequent species identified was Rhizomucor pusillus (eight cases), whereas it is barely found in fungal culture. This molecular workflow is a promising approach to improve IA and mucormycosis diagnosis and epidemiology.

Bronchial epithelia from adults and children: SARS-CoV-2 spread via syncytia formation and Type-III interferon infectivity restriction

Bronchi of the upper respiratory tract are considered the site of SARSCoV- 2 infection initiation from where a possible spread to the lower respiratory tract can cause acute respiratory distress syndrome with a high degree of mortality in elderly patients. Here we established functional reconstituted primary bronchial epithelia (BE) derived from donors including both adults and children to study SARS-CoV-2 infection dynamics in a physiologically relevant model. We identified multi-ciliated cells as the primary target cells for SARS-CoV-2 in our reconstituted BE. We further observed rapid viral spread throughout the entire BE within 24-48hours. Within 3-4 days, we observed syncytia formation between ciliated cells and basal cells which accumulate at the apical side of the BE. We show that infected cells including syncytia are released into the apical lumen and contribute to the transmittable virus dose. Interestingly, some BE mainly reconstituted from young donor, showed an intrinsic resistance to infection and virus spread. This restricted infection phenotype correlated with a faster release of type-III interferon secretion. Moreover, exogenous type-III interferon treatment to permissive epithelia installed infection restriction while interferon gene knockout promoted infection. Taken together our data uncover syncytia formation as possible contribution to tissue or environmental SARS-CoV-2 dissemination and the type-III IFN response as a central contributor to SARS-CoV-2 resistance in BE, which may explain epidemiological observations that SARS-CoV-2 fatality is age dependent.

« Coronaaah, c'est quoi ? » : une bande dessinée de vulgarisation scientifique sur le COVID-19

Déclaration de liens d’intérêts: Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts.

« Pandecomics » : l’apport de la bande dessinée à l’ère du COVID-19

Introduction Depuis plus d’un an maintenant, le COVID-19 contamine le monde et nos vies. La couverture médiatique omniprésente de la pandémie nous empêche souvent de prendre du recul. Les représentations schématiques, l’humour et les métaphores utilisées dans la bande dessinée pourraient faciliter la compréhension d’informations complexes et ainsi peut-être nous aider à favoriser l’attention du grand public. La bande dessinée est également accessible à un public plus large que les médias habituels, notamment grâce à leur diffusion sur les médias sociaux. Dans le domaine des pandecomics, la collaboration entre professionnels de santé et artistes (scénaristes et illustrateurs) revêt une importance particulière, et elle est ici illustrée par trois projets de bande dessinée menés pendant la pandémie de COVID-19. Matériels et méthodes « Faire Face » est un projet collaboratif entre des professionnels de santé hospitaliers et l’association TheInkLink, un réseau engagé de professionnels de la bande dessinée et du développement, travaillant souvent avec l’OMS. À partir de 22 témoignages de professionnels travaillant en CHU, 11 auteurs ont créé 10 histoires fictives qui racontent avec humour et gravité les initiatives des professionnels de santé pendant la pandémie. Ces témoignages ont donné naissance à un livre financé par le mécénat du CHU et une campagne de financement participatif. Résultats « Coronaaah, c’est quoi ? » est une bande dessinée de vulgarisation scientifique sur le COVID-19, créée par une médecin infectiologue et une autrice de bande dessinée, et soutenue par le Collège santé d’une université française. Le format de la bande dessinée a permis d’expliquer des informations scientifiques complexes de manière amusante au grand public. « Coco-le-virus » est une bande dessinée pour enfants, créée par Marguerite et Paul de Livron pour aider les familles et les professionnels de l’enfance pendant la pandémie, en abordant avec humour et tendresse plusieurs thèmes autour du COVID-19. Ils ont collaboré avec plusieurs professionnels de santé afin de préparer les enfants à la réouverture des écoles et plus récemment pour expliquer comment les enfants peuvent prendre soin de leur système immunitaire en améliorant leur hygiène de vie. Conclusion La collaboration avec des artistes de bande dessinée peut être très utile pour aider les professionnels de santé à délivrer des messages complexes de manière simple, ce qui semble crucial en ces temps troublés. Ces collaborations passionnantes illustrent le fait que les professionnels de la santé ne devraient pas s’abstenir de créer des bandes dessinées en raison d’un manque de talent artistique ! N’ayons pas peur de travailler ensemble !

The influenza virus, SARS-CoV-2, and the airways: Clarification for the otorhinolaryngologist.

The influenza virus and SARS-CoV-2 cause trivial upper and severe lower respiratory infections (Influenza virus 290,000 to 650,000 deaths/year). These viruses come into contact with the airways either by direct projection, by secondary inhalation of airborne droplets, or by handling (fomites). The objective of this article is to clarify the mechanisms of production and penetration of droplets of secretions emitted during all expiratory phenomena likely to transport these viruses and come into contact with the respiratory mucosa. The droplets>5µm follow the laws of ballistics, those<5µm follow Brownian motion and remain suspended in the air. The aerosols of droplets are very heterogeneous whether the subject is healthy or sick. During an infectious period, not all droplets contain viral RNA. If these RNAs are detectable around patients, on surfaces, and in the ambient air at variable distances according to the studies (from 0.5m to beyond the patient's room), this is without prejudice to the infectious nature (viability) of the virus and the minimum infectious dose. There is a time lag between the patient's infectious period and that of RNA detection for both viruses. Subsequently, the inhaled particles must meet the laws of fluid dynamics (filtration) to settle in the respiratory tree. All of this partly explains the contagiousness and the clinical expression of these two viruses from the olfactory cleft to the alveoli.